前任院長蛭間重勝(西田敏行 飾)（西田敏行飾）被趕走一年后，東帝大學醫院誕生了第一位女性院長，她提出“患者優先”的口號，開始進行大刀闊斧的開革，清除醫局的腐敗。但是盤踞在醫院的當權者們為了奪回自己的利益，復興以絕對權力和森嚴等級統馭的“黑色巨塔”，開始暗中活動。左遷至東帝大學醫院知床分院的蛭間重勝也蠢蠢欲動。天才的外科醫生大門未知子(米倉涼子 飾)（米倉涼子 飾）與被污染的醫療組織展開正面對決。