祁鈺心里清楚上皇是有意庇護允賢才臨時擬旨命于東洋于朝堂之上宣讀，于是更加對允賢心生厭惡，將她禁足于萬安宮。

南京水災之后，發生瘟疫，疫情傳入北京。京中疫情險急，祁鈺在太監曹吉祥的挑唆下，想趁局勢混亂借東廠之手除去為孫太后(何晴 飾)所用的五城兵馬司白晉，沒想到，被逼急的白晉不僅將京城大部分兵馬帶出了城，還將城門反鎖，京中因疫癥而死的尸體無法運出城門埋葬，疫情更加難以控制，城內哀鴻遍地，連內宮都能聽到百姓哭喪的聲音。

汪美麟(金晨 飾)提議祁鈺及太后一干人等去內宮里太液池中的小島上避難，于東洋勸祁鈺身為國主此時應坐鎮乾清宮，可祁鈺卻借故推脫。祁鈺本欲去萬安宮接允賢一同前往，可汪美麟催促他先走，并說她會派人去接允賢。允賢帶著宮女綠香坐在汪美麟安排的前往小島的船上，船行至水中央，船上的小太監竟欲將船鑿沉，允賢雖以木板將太監打昏，但船已經進了水，搖搖欲墜，允賢和綠香也因此落水，險些溺水而亡，幸好被御藥房的兩名醫女發現，以麻繩將她們救起。

允賢帶同御藥房的醫女們出宮同太醫院及惠民藥局的人一起醫治瘟疫，允賢發現這種瘟疫的癥狀很像瓦剌蒙醫和她說過的黑死病，記起蒙醫都是用大黃湯醫治這種疫癥，便打算采用此法治療瘟疫，太醫們起初質疑，但院判程村霞(張皓然 飾)卻同意并采納了允賢的建議。允賢見一老伯喉嚨被痰卡住咳喘不止，竟欲用嘴去給老伯吸痰，就在這時，突然出現的上皇拉開允賢，用手指給老伯摳痰。原來，京城發生瘟疫之后，看守南宮的太監們都逃散了，上皇得以出了南宮，一來查看京城瘟疫，二來也希望能在醫治瘟疫的醫者中見到允賢。

上皇與允賢在城中為了治療瘟疫而奔忙勞碌，甚得民心，上皇被百姓及臣子們視作這次救治瘟疫的主心骨，允賢則因其妙手仁心被百姓奉為觀音下凡。在太醫院的男大夫和御藥房的醫女們的共同治療下，京城的疫情已經得到有效控制，允賢一時興起，提出要帶領眾醫女與師兄掌管下的太醫院進行比試，看哪邊治好的病人多。

允賢突發不適，疑似染上疫癥，上皇擔心，用手去摸允賢的額頭看她有無發熱之癥，祁鈺得知疫情緩解出宮查看，見上皇對允賢做出親密之舉，立即將其拉開。祁鈺命程村霞給允賢診脈，程村霞診斷出允賢并未感染疫癥，而有了身孕，祁鈺連同百姓都十分高興。