良醫第三季劇情講述一名年輕的外科醫生即將加入圣荷西San José的波納文圖拉San Bonaventura醫院,但他的加入卻引起了院內一場大風暴。年僅25歲的尚恩墨菲(弗萊迪海默 Freddie Highmore飾)和一般人不太一樣,他是個自閉癥患者,還患有學者癥候群(savant syndrome)。學者癥候群是一種腦內功能不平衡的疾病,患者無法與人正常交談或是對應日常生活,但卻能全力處理某一項一般人所沒有的特殊能力,成為該項能力的天才,這種癥狀還被稱為「癡呆學者」idiot savant。而Shaun Murphy就有著完美記憶力,過目不忘。　　Shaun不善交談、交際,但為人正直,直言不諱,他童年生活過得很慘,同齡的孩子會欺負他,就連自己的爸爸也虐待他。在他14歲時,Ira Glassman醫生注意到他的天賦,此后開始輔導他,就像他的另一個父親一樣細心照料他。現在,Glassman醫生是醫院的院長,正積極說服院內高層聘請他,讓他們相信Shaun是一個最合適的選擇,但對一個沒有溝通能力的人來說,他真能治病救人嗎?　　Shaun在一次機場意外中,解救了一個沒有呼吸的年輕男孩,不但為Glassman醫生爭了一口氣,還讓醫院裡的反對者看到他的潛力。現在,沒有人敢否認他的實力,他的確可以成為一名優秀的外科醫生。但問題是,他今天能憑藉自己的博學拯救性命,難保明天他會因為缺乏判斷力而失去病人。不善溝通的他,無法與病人建立良好醫病關係,更別說是一起拯救性命的伙伴們。他是否能成為一個好醫生呢?唯有時間能證明一切…