王松(王亞楠 飾)與花蕊(馬伊俐 飾)一起送婉婷到南京，把婉婷交給石黑龍(尤勇 飾)照顧，花蕊則留在南京教會工作。南就的黃蓮教徒，留在教堂內照顧傷患，并救了教徒曹子峰，后來黃蓮教總壇內，王松雖有子峰幫忙，但仍失手被擒，危急關頭，婉婷及石黑龍趕到，救走王松及花蕊，而子峰變棄暗投明，跟石黑龍等人離去，與婉婷一起拜石黑龍為師。黃蓮教日漸式微，英將領Smith窮追猛打，更枉殺無辜，令石黑龍震怒不已。